Yunus hoca Afyon'un meşhur Âlimlerinden Hacı Aşık Efendi'den ders almış müsevvitlik ve müftülük görevlerinde uzun yıllar bulunmuştur.
Hocası Hacı Âşık Efendi'nin müsevvitliğini yapmıştır zahiri ve batini ilimleri hakkıyla bilen Yunus hoca aynı zamanda ehil bir kimsedir.
Çiloğlu Deli Bekir ve Turabi Hazretlerini daima himaye etmiş ve onlara pek muhabbeti var imiş.
Bir gün Yunus hoca Ot pazar Camii'nde Ramazan ayında vaaz ederken Çiloğlu Deli Bekir sarhoş olarak camiye girer Yunus Hoca'ya hitaben Hoca Efendi destur "ihtinassıratel müstakim de ben var mıyım yok muyum"
Diye Allah'ın iyi kulları arasında olup olmadığını sorar.
Yunus hoca da dershaneye gel de sana cevap vereyim der, Hayır sen on iki tarikatın sultanısın şimdi cevabını ver der.
Yunus hoca Bekir'i Başından savmak için, Bekir sen mazursun, diye cevap verir. Bekir de imanım Aşk olsun diye teşekkür eder. Fakat Bekir camide sarhoş sallanıp duruyor, Yunus hoca sıkılıyor sonra koluna girerek camiden yavaş yavaş ve iltifatla çıkarmaya çalışıyor. Bekir Cami kapısında ağlayarak sana ezâ ettik Affet Sultanım der.
Hoca tekrar mazursun diye Bekir'i uğurlar.
Yunus hoca bir ara bilgisini ilerletmek için, Mısır'a gider orada on sene okuyup tekrar Afyon'a gelir.
Bu sırada müftü olan Hacı Aşık efendi vefat etmiştir müftülük makamı açılır. Yunus hoca da namzetler arasında dır, Yunus Hoca'yı seven, Çiloğlu Deli Bekir onun müftü olmasını çok ister.
Yunus hocanın olmasını istemeyen kadı ve diğer muhaliflerine hücum eder hicviyeler yazar hocanın rakiplerine galip gelmeye çalışır.
Bir taraftan da, Yunus hocayı kasdederek, Kadı ben onunla oturmam köylü kılıklı entarili adam dermiş.
Ve müftülüğe başka birisinin getirilmesini ister, Bunu duyan Bekir Kadıya giderek.
Aslı nesli pakiz bûrhanız biz Frumaya çerçi değil hanedanız biz.
Diye Yunus hocayı müdâfaa eder ve sen şarap içer misin diye kadıya hakarete kalkar. Kadı şu herifi sürelim def edelim deyince Bekir fena vaziyet alarak sürmek kolaysa hadi sürün cevabını verir ve kadının yanından ayrılır.
Neticede Yunus hoca müftü olur Hacı Âşık Efendi'nin yaptırdığı müftülük dairesinde kırk sene müftülük yapar.
Halkın anlayacağı şekilde vaaz eden Yunus hoca halkın hüsnü teveccühünü kazanmış çarşıya çıktığı zaman herkes dükkânlarından çıkar hocaya hürmet eder bu durumu gören, Yunus hoca herkesi işinden gücünden meşgul etmemek için evinden çıktığı zaman müftülük dairesine tenha yollardan gelir gidermiş.
Yunus hoca okumayı çok sever vaazı nasihatta bulunurmuş ehli dil bir kimse olduğu için.
Salih dehşeti, Turabi Hazretleri ve Deli Bekir ile sohbette bulunurmuş.
Bir gün müftülük dairesinde arkadaşlarıyla otururken, Deli Bekir çıka gelmiş, Yunus hoca Bekir'e oturması için yer göstermiş hâl, hatır sorduktan sonra sohbete devam ederlerken bir ara, Yunus hoca Deli Bekir'e söyle bakalım, Bekir kaç çeşit nefs var dır say bakalım der.
Bekir de saymaya başlar nefsi emmare, Nefsi Levvame, Nefsi Mutmainne. Yunus hoca Bekir bir tane daha vardı o neydi der.
Bekir imanım onu da sen söyle der.
Yunus hoca da Nefsi Kâmile dir der.
Bekir sen on iki tarikatta hakimsin fakat bu herifler (O vaktin ileri gelenleri) senin kıymetini bilemezler ve anlayamazlar cevabını verir.
Yunus hoca müftü olunca onu bir türlü çekemeyen, Kadı Yunus hocayı müftülükten uzaklaştırabilmek için türlü bahaneler arayıp zamanın şeyhülislamına ihbar etmek için fırsat gözetmeye başlamış.
Afyon'un Akçeşme önü mevkiinde bulunan, Bahçıvanlar arasında lağım suyu ve gübre ile patlıcan ve domates yetiştirmek caizdir değildir diye münakaşaya tutuşmuşlar meseleyi Yunus hocaya gelip sormuşlar Yunus hoca lağım suyu ve hayvan gübresi ile patlıcan ve domates yetiştirilebilir böyle yetişen sebzeleri temiz su ile yıkayıp pişirilmesi icab edeni pişirmek, pişirilmeyeni de yemek caizdir demiş, fetvayı buna göre vermiştir.
Bunu fırsat bilen Kadı ve Yunus Hoca'yı çekemeyen ler den birkaç kişi Yunus hocayı zamanın Padişah'ına şikayet etmişler şikayet konusunu Padişah Şeyhülislam'a havale etmiş meşihat dairesinden niye dayanarak fetva verdiğini açıklamasını istemişler.
Fen ve tabiat ilmine aşina olan Yunus hoca lağım sularındaki mikropların. Güneş ışınlarıyla öldüklerini ve toprakta gübrenin bir takım değişikliğe uğradığını ilmi bir şekilde açıklayıp cevabını göndermiş bu cevabı beğenen, O zamanki yüksek din şurası, Yunus Hoca'yı haklı bulmuş. Böylece Yunus hoca ilmi kudreti sayesinde kendisini çekemeyen kimseler olmasına rağmen tam kırk sene müftülük yapmıştır.
Müftü Yunus Hocanın, Kabri incelediğimiz kaynaklarda. (Musalla mevkii'diye geçiyor) İmaret camii'nin üst kısmından Aksaraylı Camii'ne giderken solda boş bir arsanın başındadır.
Vefat ettikten sonra mirasçılarına oldukça zengin bir kütüphane bırakmış tır.
